optseq2 references

まだ使ってないままとりあえずメモ．今回はタグとかぜんぜん気にしない（いつもは地味に気にしている）
あ，完全にコピペしちゃってますが，元は↓
ハーバード，optseq2ヘルプページですね．いちおう．
まだ途中です．
（12月15日、続きをちょっと書き足し。まだまだ途中です）

USAGE: optseq2

Data Acquistion Parameters
データ取得のためのパラメータ

--ntp Ntp : number of time points
タイムポイントの数．単位は？
--tr TR : temporal resolution of acquisition (in sec)
データ取得の時間解像度（秒で）．
--tprescan t : start events t sec before first acquisition
はじめのデータ取得前の，開始イベントの秒数

Event Response and Nuisance Descriptors
事象に対する反応，およびNuisance (不快な？妨害？）についての記述

--psdwin psdmin psdmax : PSD window specifications
" PSD"ウインドウの特定．PSDって？

--ev label duration nrepetitions
n回の繰り返しの長さのラベル

--repvar pct : allow nrepetitions to vary by +/- percent
+／−パーセントによって分けられるn回の繰り返しの許可？

--polyfit order
順番

--tnullmin tnullmin : limit min null duration to tnullmin sec
最小の持続時間の限界（秒で）

--tnullmax tnullmax : limit max null duration to tnullmax sec
最大の持続時間の限界（秒で）

Searching and Cost Parameters
探索(? searching)とコストのパラメータ
（なんか，ここいまいちわかんねーな）

--nsearch n : search over n schedules
n回のスケジュールを探す

--tsearch t : search for t hours
t時間の探索

--focb n : pre-optimize first order counter-balancing
前最適化した一次のカウンターバランス（？）

--ar1 rho : optimize assuming whitening with AR1
AR1を用いた最適化の算定ホワイトニング？

--pen alpha T dtmin: penalize for presentations being too close
近すぎる提示のための不利益？

--evc c1 c2 ... cN : event contrast
イベントのコントラスト

--cost name : eff, vrfavg, vrfavgstd
？？

--sumdelays : sum delays when forming contrast matrix
形成したコントラストマトリクスの遅延の合計？

--seed seedval : initialize random number generator to seedval
seedvalのために生成した初期化したランダムの数

Output Options
　出力オプション

--nkeep n : keep n schedules
　n回のスケジュールをキープせよ

--o outstem : save schedules in outstem-RRR.par
　outstem-RRR.parにスケジュールを保存せよ

--mtx mtxstem : save design matrices in mtxstem_RRR.mat
　mtxstem_RRR.matにデザインマトリクスを保存せよ

--cmtx cmtxfile : save contrast matrix in cmtxfile
　コントラストマトリクスをcmtxfileに保存せよ

--sum file : save summary in file (outstem.sum)
　ファイルに要約を保存せよ（outstem.sum)

--log file : save log in file (outstem.log)
　ファイルにログを保存せよ（outstem.log)

--pctupdate pct : print an update after each pct done
　各々のpct (pitcture?)がなされたあとで，アップデートをプリントせよ

--sviter file : save info from each iteration in file
　ファイルに各々の繰り返し(iteration)からの情報を保存せよ

Input/Initialization Options
　入力／初期化オプション

--i instem : initialize with instem-RRR.par
　instem-RRR.parを初期化する

--in input-schedule <--in input-schedule >

--nosearch : just print output for input files
　入力されたファイルの出力だけをプリントする

Help, Documentation, and Bug Reporting
　ヘルプとか

--help : print help page
　ヘルプページをプリントする

--version : print version string
　バージョン名をプリントする

$Id: optseq2.c,v 2.12 2006/12/29 02:09:11 nicks Exp $
　とか．

Optseq Home Page:
http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/optseq

長くなったので分割します．

optseq2 memo

Event-related functional MRIを撮像する場合に，SOA/ISIを決定することは非常に重要です．渡辺の理解が正しければ，ある刺激が提示された後に，脳血流の増大が生じるはずですが，MRIではたとえばスライスあたり3秒間に１回しか撮像できません．そして，この血流増大が刺激に対して毎回同時刻に生じるとすれば，SOA/ISIを完全に固定すると，血流増大の関数の同じポイントでしか撮像できませんよ，ということになるのだと思います．更に，まだ前の刺激提示による血流増大が終わっていないときに，次の刺激が提示されてしまうと，正しい関数を作成できないことになる，という話なんだと理解しています．このあたりは非常にあやふやなので，ちゃんと勉強する予定ですが，ともあれ，このような問題を回避するためのソフトウェアを，Harvard大学が開発しておりまして，それがoptseq (optimal sequenceの略のようです）2，ということになります．細かいことは多分，本家を見ていただいた方が早いでしょう．こちらです．

さて，それじゃあoptseqを使ってみようということで，MacOSX:-Inter version of optseq2のリンクからダウンロードしてみたところ，標準テキストとしてダウンロードされて，開くを選択してもひらきゃしねえ，ということでしばらく悩んでいたのですが，とりあえず次のようにして解決しました．

まず，ftpクライアントをダウンロードする．渡辺はCyberduckを使いました．これで，ftp:/・surfer.nmr.mgh.harvard.eduに接続して，pub>optseq>MacOS>Inter>optseq2を選択してダウンロードすると，Unix実行ファイルとしてのoptseq2をダウンロードできます．これを開いてみると，ターミナルが開き，$(=optseq2があるフォルダ）/optseq2 ; exit;というコマンドが勝手に入力されて，optseq2の中身が出て，勝手にログアウトします．笑．

しかし，これで使い方が分かったので，ターミナルから，（フルパスで，たとえば渡辺だと，）Users/username/downloads/optseq2 などと入力すると，optseq2の中身を見ることが可能になります．（標準テキストの状態で，こうできるかどうかは良くわかりません）．これでようやく使える，ということですね．しつこいようですが，文系はここまで書いていただかないとわかんねーんですよ！頼みますよ！と吠えていてもアレなので，自分で書きました．再度まとめますと，

• optseq2の実体（？）は，UNIX実行ファイルで，コンソールから開くということ
• もし単純にダウンロードできないようなら，FTP転送を試して下さい，ということ
• コンソールから開く場合，フルパスを指定しなければいけませんよ，ということ（パスの追加をどーしたらいいか，というのが，winと違うので良くわからないよ）．

この3点をやれば，とりあえず「使える」ということになります．このくらい書いといてくださいよー，ということなんですけどね．近いうちに，具体的な使い方を多分書く事になると思います．というわけでカテゴリーを作ってみました（セルフプレッシャー）．