FreeSurferでsegmentation (MacOSX 10.5-) 2

Dicom画像をFreesurferで扱える形式(.mgz)にする：コマンドとしては，
recon-all -i /fullpath/X.dcm -s subjectID
でokです．1分くらいで終わります．
具体例としては，
recon-all -i /Users/hayato/MRI/MEDx-DICOM/1.2.（略）.618.STU/1.2.(略).SER/(略).dcm -s HW
とかですね．
*他がどうなのかは良くわからないのですが，北大の装置だと，124スライス(3D-FSPGRの場合）撮像したときには，124個の.dcmファイルがあるのですが，同一ディレクトリ内にあればどれか一つの.dcmファイルを指定してやれば，勝手にスライス数を判別して，まとめてファイル変換してくれます．複数ある場合は頭部位置補正も含めて統合できるようです．
*subjectIDには，たとえばHWとかSubj1とか何でも良いので文字列をいれると，$SUBJECTS_DIR下にその名前でディレクトリが生成されます．たとえば，$SUBJECTS_DIR/HW とか $SUBJECTS_DIR/Subj1 とか．この前の記事の例で言えば，/Users/hayato/documents/freesurfer/subjects/HW とかになりますよということですね．
北大環境下では，dcmファイル名称が凄い数字列で大変なのですが，tcshには[tab]キーを押すことでファイル名称を補完してくれるという大変ありがたい機能がありますので，うまく使ってください．

segmentationをする：上記の準備が完了したら，
recon-all -all -s subjectID
具体例としては，さっきのsubjectIDを踏襲すると，
recon-all -all -s HW
などとやると，この参加者の脳画像をsegmentationしてくれます．概ね24時間かかります．時間はかかるが簡単ですね．

渡辺はdcm画像がいっぱいあるんだけど，どうしたらいいんだろう…というところでしばらく詰まったのですが，試してみたらなんとかなりました．

FreeSurferでsegmentation (MacOSX 10.5-)

MRI画像から白質と灰白質を分離してくれるFreeSurferの使い方についてのメモです．また文章が長いので，よけいなのは続きに格納しました．

登録とダウンロードとインストール(Mac OSX Leopard)： FreeSurfer Download and Installに行きます．

とりあえずregistrationをします．registrationページの内容を埋めて [I agree]をクリックすると，メールが送られてきます．この中の，
----cut here----
自分のメールアドレス
数字
パスワード的なもの
----cut here----
から，
自分のメールアドレス
数字
パスワード的なもの
を切り取ってWordかなんかにコピーしておきます．あとで使います．

System Requirementsを確認の上，Downloadから，適切なものをダウンロードします．Leopardだったので，freesurfer-Darwin-leopard-i686-stable-pub-v5.1.0.dmg (2011.11.23現在)にしました．結構時間がかかります．

downloadが終わったら，解凍してでてきたpkgファイルをダブルクリックしますと，インストールがはじまります．インストール前に，X11があることを確認してください．(アプリケーション>ユーティリティの中にあるかどうか．なければ多分OSXのインストールディスクから入れられたと思います）．良きに計らっていると，アプリケーション(Applications)にインストールされます．ただし，registrationの証明のため，".license"という名称のファイルをインストール後できるFreeSurferディレクトリに入れておかなくてはならないのですが，アプリケーションディレクトリ内のファイル書き込みは"情報を見る">"共有とアクセス権"で書き込み可能に変更しなくてはならず，後々面倒なので，"書類"とかにインストールした方が良いかもしれません．インストールの結果生成されるFreeSurferディレクトリを丸ごとコピーしても問題ないです．

インストールが無事終了したら，さっきのWordにコピーしたものを，".license"という名称のファイルにして，FreeSurferディレクトリ直下に保存します．.licenseを保存するときは，"別名で保存">名前：.license，フォーマット:書式なし(txt)，拡張子を追加するのチェックを外す>保存として，.を使うのは予約されてますよ，という警告を無視して("."を使うを押して)ファイルの変換は特になにもせず"OK"をおせばよろしいかと思います．

以下，Setup Configurationページ内の，四角い枠で囲まれた文章をタイプしてはエンター(return)を押していけば，多分なんとかなりますが，念のため説明しておきます．最低限以下のコマンドを打てばセットアップ完了です．
tcsh
*コマンドシェルをtcshに変える
setenv FREESURFER_HOME <freesurfer_installation_directory>/freesurfer
*FREESURFER_HOMEに/FreeSurferをインストールしたディレクトリ/freesurfer という環境変数を登録する．たとえば，/Users/hayato/documents/freesurfer など．パスがわからない場合（日本語を使っているとわかりにくい）は，terminal (spotlightでterminalと入力すればすぐ出てきます）を起動して，freesurferがあるディレクトリを，terminalウインドウにドラッグ&ドロップするとわかります．
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh
*FREESURFER_HOME以下にあるSetUpFreeSurfer.cshを実行する．

渡辺の例に従っていれば，次のような文字列が出力されるはずである (もちろんユーザネームは違うと思いますが）．
Setting up environment for FreeSurfer/FS-FAST (and FSL)
FREESURFER_HOME /Users/hayato/documents/freesurfer
FSFAST_HOME /Users/hayato/documents/freesurfer/fsfast
FSF_OUTPUT_FORMAT nii
SUBJECTS_DIR /Users/hayato/documents/freesurfer/subjects
MNI_DIR /Users/hayato/documents/freesurfer/mni

あと，MNIが既にインストールされていてそっちを使いたい場合は，
cd $FREESURFER_HOME
mv mni mni-backup
ln -s /usr/local/mni mni
としろと書いていますね．お任せします．

以上でsetupは完了です．

DICOMをfifにしてMRIlabで読む

ちゃんとまとまってないのですが、ツイッターとかだと流れてわかんなくなっちゃうのでここでとりあえずのメモをしておきます。

MRIはGE signaのようです。

DICOM入手：DICOM receiverを起動しているとき、MEDxはMEDx-DICOMディレクトリにDICOM画像を（勝手に）格納している。この画像を使う！このディレクトリは、home/usr/直下にこの名前（MEDx-DICOM)で存在しないとダメっぽい。DICOM managerは、形式変換機能だと思った方がいい？（ここでdicomを選択してもあまりうまくいかない）。sinuheにsendすることもできるようだが、物理的にネットワークが繋がっていないらしい。なぜ…

DICOM→fif：正攻法はDICOM accessからDICOM databaseに持ち込んで、というやりかたのようだが、何しろネットワークがないので、DICOMファイルを持ち込むしかない。/mri/incoming も、dir_to_dicomもなくて愕然としたが、次のようにするとfifになる。理屈をほとんど理解していないので、何か間違っている可能性は高い。/neuro/mri/sets ディレクトリに、dicom画像群をすべて入れる。（ディレクトリ構造はとった人（研究）の情報＞数字.SCR>数字.SCE>XXX.dcm, YYY.dcm…となっていると思いますが、最後のXXX.dcm, YYY.dcm …のところのファイルを全部、ということ）。DICOM databaseを起動して、sourceをDirectoryにして/neuro/mri/setsにパスを通す。DICOM part 10 に変えて、patient IDとpatient nameには触れずに Applyし、隣のGETをクリックし、あとは二度ほどokokと言っていればfifファイルができる！あとはMRIlabで読めばよろしい。

メモ：N1潜時に関与しそうなもの

年齢
加齢にともなってN1b (正中線上で記録される（ことが多い）のでCentral N1とか，やや潜時の早いN1)潜時短縮がある．加齢とともに中心化する（かも？）という知見もある（Gomes et al. 2001)
加齢にともなってN1c(側頭上の電極で記録されるのでLateral N1とか，やや潜時の遅いN1)潜時延長（というか消失？）がある．振幅も減衰する．加齢にともなうトポの変化はない？
M100も加齢にともなって潜時短縮がある．右半球だけ？（Roberts et al. 2010)
パラダイム
注意条件：多分ある．調べる．
少なくともISI(SOA)．注意条件と関係する？短いSOAでは子どもはN1bを示さない（N1cは出る）．
知的発達
MRはN1bの振幅増大-延長を示す(Bruneau, 1999)．だけど"低機能"自閉症はそうでもないんだよなー．よくわからん．加齢とどっちが主要因？パラレル？

これに自閉症が絡むとよけいややこしくなる．

宿題：これ．

[学振？][科研費]実験参加者に謝金を払うには

大体どれかを忘れてしまうのでメモ．相変わらず北大ローカルというか渡辺向けの記事です．

• 謝金関係のxlsファイルは，北大のサイト内検索でそれぞれ調べると出てこなくはないが，オフィシャルには多分ダウンロードページはない？（低温研の共同研究のページになくはないが，無くしたら素直に会計担当からファイルをもらおう．
• 必要なのは事前届出書，業務確認表，支払依頼書，口座登録の４つ．
事前届出書
実験１週間前には出した方が良い．
実験の内容(簡単なタイトル)，実施予定日,実施総時間(予定），実施場所，参加者の所属・職名または学年，氏名（フリガナ），住所，および支払い予定額を記載する．住所を聞いておくのを忘れがち．
業務確認表
実験当日に書いてもらう
印鑑が必要（サイン可のようだ）．
事前に内容をプリントして印刷するのは望ましくない（ダメ）とのこと．基本的には参加者に書いてもらう．
支払依頼書 　　
実験終了後に出す
もう新しい情報は必要ないと思いきや，参加者の生年月日が必要なので注意．
　　
口座登録
いつでも
口座を登録するので，口座情報が必要．参加者に聞くのを忘れないようにする．
• 提出が遅れたりギリギリの提出でも大丈夫は大丈夫なので諦めないで．反省文を会計の人に書かせる羽目になるので，自分の評判が悪くなるから次から気をつけよう（それ以前に遅れないようにしよう．すみません）
• 多分書いた謝金額から税金（10%?)が引かれて参加者の手に渡ることになるので，そこらへんは気をつけて伝えたりする．普通の大学生は確定申告をすれば戻ってくる？

なにか忘れていることがあれば随時足します.