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おかげさまでspamコメントが増えてきましたので、一応コメントを承認制にしました。基本的には承認します。
FieldTripじゃないんですが…Neuromag(関係）のsoftware，maxfilterの使い方…というか公式の翻訳です．Maxfilterはすぐ後述しますが，preprocessingのためのUNIXベースのTOOLBOX，という認識で良いのかな．実はまだ実際ダウンロードなどしておりませんので，以下の説明はほんとに机上の空論の可能性があります． maxpreprocによれば，Maxfilterのpreprocessingでは，bad channelsを発見し，ノイズ除去のためにsssを実施し，異なるco-ordinate frameのデータを変形(transforming)ができる，ということで，最後のひとつがとても重要なんですよね。というのは，本文中にも後で出てきますが，MEGのセンサは頭皮に接着するわけではない（EEGと違って）ので，被験者の頭部位置はよっぽど頑健に固定しないと（それこそ頭部の型をとるところから始めるとか），センサに対する頭部位置はずれてしまうわけです。これを補正しないと，ブロック間の加算平均とか，被験者間の加算平均は本来はしてはいけない（するとデータが歪む）というのは確かにそうで，これを補正する方法が必要であるというのは納得がいくところです。ところで本文中に出てくる，NBというのは，Nota Bene:ラテン語，良く注意せよ，という意味，を指すと解釈して良いのでしょうか。そう解釈します。 Identifying Bad Channels with Maxfilterさて，頭部位置の補正の前にまずは第一の機能ということで，バッドチャンネルを見つけておきましょう。とりあえずコマンドは， maxfilter -f <rawdata_file> -o <output_file> -ctc /neuro/databases/ctc/ct_sparse.fif -cal /neuro/databases/sss/sss_cal.dat -autobad 20 -skip 21 999999 -v | tee <bad_chans_log_file>となっています。-fオプション以下に，今バッドチャンネルを探したいファイル名，-oオプション以下に，あたらしく出力するファイル名を入れます。-ctcと-calについては， -ctcは我々のMEGを特定するcross talk correction (なにこれ），-calは良いキャリブレーションのためのオプションであるようです。 これらをmaxfilterに入力すると，良い結果が得られるとされています。肝心の-autobadオプションですが，この後に数字が必要です。ここでは， バッドチャンネルを同定する方法として，記録したデータのはじめの20秒間（cHPI(とあります。ようは，何秒のデータからバッドチャンネルを決めるんだい，ということですね。そして，-skipオプション後の数字は， 時間を節約するために，ファイルの残りをスキップするようにmacfilterに伝えることが必要ということで，21秒目から999999秒目（とにかく実際の実験より大きい数字なら良い，ということかな）。はスキップしてね，ということのようですね。-vオプションは，一般的なUNIXでは，"情報表示"(view?)のようです。違ったらすみません。teeについては，Tee(UNIX)によれば，出力をコピーする，ということですから，ここで得たデータからlogファイルを生成する，という理解で良いのではないかと思います。 とりあえず今日はここまで！
PR 嫌になってきた。(14:50) TimeMachine_InProgressファイルで書いたのですが，もともとTimeMachineでうまくバックアップがとれない現象が発生しており，苦労してInProgressファイルを捨てたのは捨てたんですが結局うまくいかない（「バックアップの作成を完了できません。バックアップボリュームにファイルをコピー中にエラーが起きました。」というエラーメッセージが出て、10GBくらいで不正終了してしまう）のです。appleサポートによれば，このエラーメッセージに対しては， 再起動して、もう一度バックアップを行います。という味もそっけもない対策ですが，一応やってみました が…ダメ…っ!的な。今はディスクユーティリティで修復を試みています。一応， ディレクトリの項目カウントが正しくありませんということにはなっていて，これの修復に一瞬15時間とか出てびっくりしましたが，あと35分ほどかかるそうです。でも，さっき「あと４分」だったのに１５分くらいかかってたところをみると，15時間を考えておいた方が良いかもしれません。 15:23追記：終わりました。ちゃんと35分くらいだった！ごめんTimeMachine!ということで，再度バックアップを作成してみます…。 7月17日：19:42 再度バックアップを試みて帰宅→家族を犠牲にして登校したのですが，また同じエラーメッセージが出ていて，げんなり。とりあえず古いバックアップは今のところ用がない（だろう）ので，一旦HDそのものを初期化して再試行してみようと思います。とりあえず初期化の予想時間は４時間！（０消去で。３５回消去とかにすると，この３５倍だから…150時間…か…叩き壊した方が早いですね）さあ，何日かかるかな！！！今日はここまで。
今更感はありますが，今更ながらやります。開始時間は2010/07/16 11:50-MacOSXのクリーンインストールを参考にしています。 ファイルのバックアップ：書類（Document）フォルダはSugarsyncにアップロードしているので，基本的には多分困らない。Sugarsyncにアップするのが怖いパーソナルなデータとか，今使っていて無くなったら絶対に困るファイルは手動で外付けHDにバックアップ。あとTimeMachineを今実行中。こないだInProgressファイルで手間取ってから，バックアップをとってなかったので，今頑張っている（TimeMachinが）ところですね。；12:20時点で アプリケーションについては，
iTunesの"コンピュータの認証を解除"。iTunesのファイル自体は，ミュージック＞iTunesフォルダにあるけど，iPhoneからはみ出す分は今のところ無いので多分大丈夫。（ちなみに，iBooksで買った本とか入れた本は，ミュージック>iTunes>iTunesmusic>booksフォルダにあります。一方，iPhoneのアップデートの情報は，ライブラリ>iTunes内にあります） iPhotoの写真は，iPhoto libraryというファイルに全て入っているようなので，これを念のためコピー（凄く重い）。libraryの移行方法は，iPhoto:[iPhoto Library]フォルダを新しい場所に移動する方法を参照。ようは，optキーを押しながらiPhotoを起動，ということなんですが，これで元ファイルがたとえ消失しても，今コピーしてあるLibraryを呼び出せば多分写真は全て読めるはず。 その他：メールはとりあえずgmailにほぼ全てバックアップしてある（というかgmailでも受信しているというか）けど，一応mbox化しておく？（mail>メールボックス（ツールバー）>メールボックスをアーカイブ）
今日の記事で唯一有益なこと あとは本当に雑記です。 科研費について今まで書いたのは，あまり役立つ記事はないのですが，
あとは来年のために日程のメモ。今年は4月30日に交付内定が出たという連絡があり，５月６日くらいに書類を提出。このときに，前借申請をすればできたと思いますが，特に急ぎのことはなかったので，そのまま待っていて，交付が決定されたのが多分７月１日-2日頃，振込が７月９日の予定だったのですが，学内のシステム上の問題なのかわかりませんが予算執行が出来るようになったのが今日。SSOシステムのログインIDとかパスワードは昨年のものを利用可能。４月３０日時点ですぐ書類を出して前借申請すれば，以前のメモによれば５月２０日くらいからは執行できると思われる。 こんなところですかね。ようやくMac OSX snow leopardを購入（up-to-date版を利用できたので，980円で買えたわけですから，自腹でも良かったんですが，PCは備品扱いなのでそれもなんか面倒なことになるかなあ，ということを考えて今まで待っていました）したので，あとはクリーンインストールですね…。何をどうバックアップとっていいか。そのへんは多分まとめて書くと思います。
NOVACという所でSimplyScanという製品を出しているようで，これが教えて君.net：本を裁断せずに電子書籍化できるスキャナという紹介をされているんですが，オフィシャル(上のリンクと同じです）の情報によれば，"タイマー設定により決まった時間間隔でスキャンすることも可能なため、数十ページの本のスキャンも楽々可能"ということなので，「ページめくりは俺がする」「スキャン（写真撮影）はある時間間隔でやってくれる＝いちいちボタンを押さなくて良い」ということですよね，これは…。"本を裁断せずに電子書籍化できる"，のはまあ確かだと思いますが，でもこれは結構大変ですよね… ページめくりまでやってくれるなら凄いと思うんですが，そこは手動，ということになってしまうようで，ちょっと期待外れではあるんですが，使用感を知りたいので，買ってみていただけませんか，ということで，Twitterだったら凄く気軽にできるんですが，blogでやると敷居がちょっとあがるなあと思いつつご紹介してみます。＞豊巻さん 初めてのトラックバックですが，使い方はこれでいいんでしょうか…。コメントで書けば良かったような気がします。購入された方はどうだったか教えていただければ幸いです。
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