Maxfilterメモ(1):bad channel idetification

FieldTripじゃないんですが…Neuromag(関係）のsoftware，maxfilterの使い方…というか公式の翻訳です．Maxfilterはすぐ後述しますが，preprocessingのためのUNIXベースのTOOLBOX，という認識で良いのかな．実はまだ実際ダウンロードなどしておりませんので，以下の説明はほんとに机上の空論の可能性があります．

maxpreprocによれば，Maxfilterのpreprocessingでは，bad channelsを発見し，ノイズ除去のためにsssを実施し，異なるco-ordinate frameのデータを変形(transforming)ができる，ということで，最後のひとつがとても重要なんですよね。というのは，本文中にも後で出てきますが，MEGのセンサは頭皮に接着するわけではない（EEGと違って）ので，被験者の頭部位置はよっぽど頑健に固定しないと（それこそ頭部の型をとるところから始めるとか），センサに対する頭部位置はずれてしまうわけです。これを補正しないと，ブロック間の加算平均とか，被験者間の加算平均は本来はしてはいけない（するとデータが歪む）というのは確かにそうで，これを補正する方法が必要であるというのは納得がいくところです。ところで本文中に出てくる，NBというのは，Nota Bene:ラテン語，良く注意せよ，という意味，を指すと解釈して良いのでしょうか。そう解釈します。

Identifying Bad Channels with Maxfilter

さて，頭部位置の補正の前にまずは第一の機能ということで，バッドチャンネルを見つけておきましょう。とりあえずコマンドは，

maxfilter -f <rawdata_file> -o <output_file> -ctc /neuro/databases/ctc/ct_sparse.fif -cal /neuro/databases/sss/sss_cal.dat -autobad 20 -skip 21 999999 -v | tee <bad_chans_log_file>

となっています。-fオプション以下に，今バッドチャンネルを探したいファイル名，-oオプション以下に，あたらしく出力するファイル名を入れます。-ctcと-calについては，

-ctcは我々のMEGを特定するcross talk correction (なにこれ），-calは良いキャリブレーションのためのオプション

であるようです。

これらをmaxfilterに入力すると，良い結果が得られる

とされています。肝心の-autobadオプションですが，この後に数字が必要です。ここでは，

バッドチャンネルを同定する方法として，記録したデータのはじめの20秒間（cHPI(current HPIかな？continuous HPI，ですね)のチューニング前に待っている時間かもしれませんが）をスキャンし，log fileに出力を返す

とあります。ようは，何秒のデータからバッドチャンネルを決めるんだい，ということですね。そして，-skipオプション後の数字は，

時間を節約するために，ファイルの残りをスキップするようにmacfilterに伝えること

が必要ということで，21秒目から999999秒目（とにかく実際の実験より大きい数字なら良い，ということかな）。はスキップしてね，ということのようですね。-vオプションは，一般的なUNIXでは，"情報表示"(view?)のようです。違ったらすみません。teeについては，Tee(UNIX)によれば，出力をコピーする，ということですから，ここで得たデータからlogファイルを生成する，という理解で良いのではないかと思います。

とりあえず今日はここまで！