Fieldtrip documentTutorial

の粗訳。

Tutorials
から、introductionを読むと、Backgroundには、EEG/MEGの基本的な考え方が乗っています。
Making an analysis protocol, The FCDC Fieldtrip toolboxは、とりあえず読み流して、Using the toolbox and Matlabから。

各々のファンクションは設定構造と関係する。構造は、ファンクションを用いることによってパラメータを決める。これらのパラメータのいくつかは、実用的なデフォルトセッティングを持っている。設定は、Matlabスクリプトとして特定される。トライアル特定のためのmファイル（definetrial.m)のための設定は、次のように行う。
（エポックに記録されたctf(?)データのためのもの）

cfg1 = [];
cfg1.dataset = 'Subject01.ds';
cfg1.trialdef.eventtype = 'backpanel trigger';
cfg1.trialdef.eventvalue = 3; % 一致しない（FIC)刺激トリガの数
cfg1.trialdef.prestim = 1;
cfg1.trialdef.poststim = 2;

FieldTrip Toolboxにおける機能は、設定構造（configuration stracture;cfg)として実行され、ほとんどの場合、入力されたデータ構造である。

cfg1 = definetrial(cfg1);
dataPrepro = preprocessing(cfg1);
cfg2 = [];
dataTimelock = timelockanalysis(cfg2,dataPrepro);

各々の機能に含まれるヘルプは、cfgと、それらをどのように決定したらよいかを説明するだろう。Matlabにおいては、次のようにタイプすればよい。

help

e.g.

help preprocessing

The dataset used in the tutorials
チュートリアルに用いられるデータセット(違うやり方ではじめる場合を除いて）は、意味的に一致するものと不一致する言語研究からのものである。この実験では、3つのタイプの文が用いられている。完全に一致する条件（FC)では、文章は高い空欄補充（cloze)の確率の語で終わる。（例：The climbers finally reached the top of the mountain)。完全不一致条件（FIC)文は、意味的に異例な語で終わり、文脈からは総合的に予期できないものである（例：The climbers finally reached the top of the tulip)。3番目のタイプの文は、意味的に異例な語で、一致条件のhigh-cloze語と同じ音素（と、語彙的強勢）を持つ：これは印象一致（IC)である。
リストごとに87の条件があり、87の繋がった文章のセットが加えられている。EEG文献から、強い陰性成分が、一致語に比較して不一致語のワードオンセットのあと300-500msで生じる。この反応は、N400効果と呼ばれる (Kutas and Hillyard, 1980; Kutas and Federmeier, 2000)。

研究を応用するにあたって、被験者はMEGヘルメットの下にリラックスした姿勢で座らされた。彼らの課題は、話された発話を注意して聞くことであった。彼らは、文章の一部は意味的に異例なこともあると教示を受けた。音響変換機(transducer)が、聴覚刺激を伝えるのに用いられた。300msの警告音の後、1200msのポーズがあり、文章が提示された。ITIは4100msであった。眼球運動と瞬目を削減するため、文章の提示前にインターバルが置かれ、被験者は文章が出る1000ms前に視覚的に提示されるアスタリスクを中止するよう教示された。アスタリスクは発話センテンスのオンセットのあと、1600msまで提示され続けた。被験者は、アスタリスクが見えなくなるまで、まばたきを我慢するよう求められた。

MEG信号は、151センサーのC/T/F Om/eg/a System(VSM Me/dTe/ch Ltd.,Port Coquitlam, Canada)によって記録された。加えて、眼球運動などで汚染された試行を後に除くため、EOGが記録された。記録中のMEGとEOG信号は、ローパスフィルター100Hzで、デジタイズは300Hzであり、オフライン分析のために保存された。
センサごとの頭の位置を測定するために、3つのコイルが解剖学的な頭のランドマークにつけられた（nasion,left & right外耳道)。被験者がMEGヘルメットの下に座ってから、コイルの位置は実験の前後で測定された。
MRIは1.5T Si/eme/ns systemによって観察された。MRIスキャンの間、同じ解剖学的ランドマークを、ビタミンEで満たされた小さなコンテナで耳を型打ちした（？）。
これは、解剖学的ランドマークのために、MRIとMEGの共同システムを再調整することを許すためである。

References

*
Kutas M, Hillyard SA. (1980) Reading senseless sentences: brain potentials reflect semantic incongruity. Science. 207(4427):203-5.
*
Kutas M, Federmeier KD. (2000) Electrophysiology reveals semantic memory use in language comprehension. Trends Cogn Sci. 4(12):463-470.

Executing FieldTrip commands from Matlab

FieldtripはMatlab7.xで実行されるスクリプトの集合の構成である。このToolboxは、プラットフォームを選ばない（Linuxでも、Mac OS Xでも、Windowsでも動く）。
MatlabをLinuxではじめるには、

matlab74

とする。

チュートリアルから、関連するテクストをコピーペーストすることによってMatlabスクリプトを実行することは、現在可能である（Windowブラウザから、X-Win32からLinuxで動いているMatlabにコピーするために、ブラウザのテクストをマウスを使ってハイライトし、Ctrl+Cを押す。それから、Ctrl+V、あるいは中央のマウスボタンを押すことで、Matlabにコピーできる）

FieldTrip toolboxとデータのディレクトリに、パスを通しておくことを忘れないように。チュートリアルでは、'cd'は、データがあるディレクトリで行われている。
（注：FieldTrip toolboxがあるディレクトリに、addpathでパスを通し、カレントディレクトリはデータがあるディレクトリに設定する、ということでしょう）
（注２：Linuxの話はよくわかんないので、話半分に読んでください）

(注３：12月22日追記；検索除けに一部斜線を追加しました）