VBMEGのメモ

なんのために一生懸命FreeSurferでsegmentationしてたかというと、VBMEGで信号源推定（というか…）をするためだったのでした。とりあえず書きなぐります。そのうち整形します。 recon-allが終わったら、 cd [freesurfer_sbjdir]/sbj_test/surf/ mris_convert [lh/rh].smoothwm [lh/rh].smoothwm.asc mris_convert [lh/rh].inflated [lh/rh].inflated.asc mris_convert -c curv [lh/rh].smoothwm [lh/rh].curv.asc mris_convert [lh/rh].sphere.reg [lh/rh].sphere.reg.asc cd $SUBJECTS_DIR/sbj_test/mri mri_watershed -surf bem_surf -useSRAS T1.mgz brain_bem.mgz mris_convert lh.bem_surf_inner_skull_surface inner_skull_surface.asc mris_convert lh.bem_surf_outer_skin_surface outer_skin_surface.asc これでできたファイルをASCIIfileに変換しておく。 ここからはmatlabですね。 DicomをANALYZE形式にして、ノイズを除去する convert_dicom_nifti(dicom_file, output_dir) このdicom_fileも、複数ファイルのうち任意のもので良いようだ（未確認） fMRIは今回撮ってないので割愛。 Head model：SPM 8による灰白質のボリュームが必要なようだ！見逃していた。 今度はこれをやらなくては… Neuromagデータのことはまだマニュアルには書いていない（たぶん）。 yokogawaデータは.aveを使うとあるので、多分averageのfifファイルを用意すれば良いのだろう…。（変換用関数は用意されている！）（まだ使っていない！） ! Fastscanでは、 1.LPA(Left Preauricular) 2.MEG marker1(Left ear) 3.MEG marker2(Left pre-head) 4.MEG marker3(Center pre-head) 5.MEG marker4(Right pre-head) 6.MEG marker5(Right ear) 7.RPA(Right Preauricular) 8.Nasion 9-end optional head points for positioning が要求されるようだが、LPAとRPAとNasion (あとoptional) (あえて言えばLeft pre-headとRight pre-head - HPIで) しか（意識的には）とってない！ これはなんともならないかなー　手動で位置合わせはできないのかな… ちょっとこのへんで。火曜日くらいに試してみれるとよいなあ

FreeSurferでsegmentation (MacOSX 10.5-) 2

Dicom画像をFreesurferで扱える形式(.mgz)にする：コマンドとしては，
recon-all -i /fullpath/X.dcm -s subjectID
でokです．1分くらいで終わります．
具体例としては，
recon-all -i /Users/hayato/MRI/MEDx-DICOM/1.2.（略）.618.STU/1.2.(略).SER/(略).dcm -s HW
とかですね．
*他がどうなのかは良くわからないのですが，北大の装置だと，124スライス(3D-FSPGRの場合）撮像したときには，124個の.dcmファイルがあるのですが，同一ディレクトリ内にあればどれか一つの.dcmファイルを指定してやれば，勝手にスライス数を判別して，まとめてファイル変換してくれます．複数ある場合は頭部位置補正も含めて統合できるようです．
*subjectIDには，たとえばHWとかSubj1とか何でも良いので文字列をいれると，$SUBJECTS_DIR下にその名前でディレクトリが生成されます．たとえば，$SUBJECTS_DIR/HW とか $SUBJECTS_DIR/Subj1 とか．この前の記事の例で言えば，/Users/hayato/documents/freesurfer/subjects/HW とかになりますよということですね．
北大環境下では，dcmファイル名称が凄い数字列で大変なのですが，tcshには[tab]キーを押すことでファイル名称を補完してくれるという大変ありがたい機能がありますので，うまく使ってください．

segmentationをする：上記の準備が完了したら，
recon-all -all -s subjectID
具体例としては，さっきのsubjectIDを踏襲すると，
recon-all -all -s HW
などとやると，この参加者の脳画像をsegmentationしてくれます．概ね24時間かかります．時間はかかるが簡単ですね．

渡辺はdcm画像がいっぱいあるんだけど，どうしたらいいんだろう…というところでしばらく詰まったのですが，試してみたらなんとかなりました．

FreeSurferでsegmentation (MacOSX 10.5-)

MRI画像から白質と灰白質を分離してくれるFreeSurferの使い方についてのメモです．また文章が長いので，よけいなのは続きに格納しました．

登録とダウンロードとインストール(Mac OSX Leopard)： FreeSurfer Download and Installに行きます．

とりあえずregistrationをします．registrationページの内容を埋めて [I agree]をクリックすると，メールが送られてきます．この中の，
----cut here----
自分のメールアドレス
数字
パスワード的なもの
----cut here----
から，
自分のメールアドレス
数字
パスワード的なもの
を切り取ってWordかなんかにコピーしておきます．あとで使います．

System Requirementsを確認の上，Downloadから，適切なものをダウンロードします．Leopardだったので，freesurfer-Darwin-leopard-i686-stable-pub-v5.1.0.dmg (2011.11.23現在)にしました．結構時間がかかります．

downloadが終わったら，解凍してでてきたpkgファイルをダブルクリックしますと，インストールがはじまります．インストール前に，X11があることを確認してください．(アプリケーション>ユーティリティの中にあるかどうか．なければ多分OSXのインストールディスクから入れられたと思います）．良きに計らっていると，アプリケーション(Applications)にインストールされます．ただし，registrationの証明のため，".license"という名称のファイルをインストール後できるFreeSurferディレクトリに入れておかなくてはならないのですが，アプリケーションディレクトリ内のファイル書き込みは"情報を見る">"共有とアクセス権"で書き込み可能に変更しなくてはならず，後々面倒なので，"書類"とかにインストールした方が良いかもしれません．インストールの結果生成されるFreeSurferディレクトリを丸ごとコピーしても問題ないです．

インストールが無事終了したら，さっきのWordにコピーしたものを，".license"という名称のファイルにして，FreeSurferディレクトリ直下に保存します．.licenseを保存するときは，"別名で保存">名前：.license，フォーマット:書式なし(txt)，拡張子を追加するのチェックを外す>保存として，.を使うのは予約されてますよ，という警告を無視して("."を使うを押して)ファイルの変換は特になにもせず"OK"をおせばよろしいかと思います．

以下，Setup Configurationページ内の，四角い枠で囲まれた文章をタイプしてはエンター(return)を押していけば，多分なんとかなりますが，念のため説明しておきます．最低限以下のコマンドを打てばセットアップ完了です．
tcsh
*コマンドシェルをtcshに変える
setenv FREESURFER_HOME <freesurfer_installation_directory>/freesurfer
*FREESURFER_HOMEに/FreeSurferをインストールしたディレクトリ/freesurfer という環境変数を登録する．たとえば，/Users/hayato/documents/freesurfer など．パスがわからない場合（日本語を使っているとわかりにくい）は，terminal (spotlightでterminalと入力すればすぐ出てきます）を起動して，freesurferがあるディレクトリを，terminalウインドウにドラッグ&ドロップするとわかります．
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh
*FREESURFER_HOME以下にあるSetUpFreeSurfer.cshを実行する．

渡辺の例に従っていれば，次のような文字列が出力されるはずである (もちろんユーザネームは違うと思いますが）．
Setting up environment for FreeSurfer/FS-FAST (and FSL)
FREESURFER_HOME /Users/hayato/documents/freesurfer
FSFAST_HOME /Users/hayato/documents/freesurfer/fsfast
FSF_OUTPUT_FORMAT nii
SUBJECTS_DIR /Users/hayato/documents/freesurfer/subjects
MNI_DIR /Users/hayato/documents/freesurfer/mni

あと，MNIが既にインストールされていてそっちを使いたい場合は，
cd $FREESURFER_HOME
mv mni mni-backup
ln -s /usr/local/mni mni
としろと書いていますね．お任せします．

以上でsetupは完了です．

HP2のblogができました

HP2とは…Harvesting Positive Potentials のことらしいです．今北大教育学部M2のT君が，マスターに入ったときに設立したHot Plate & Pot というみんなでたこ焼きとかをする会があったんですが，この会が食事だけを目的とせず幅広い交流をしようということで名称を変えてblogも作ったということなので，せっかくだから紹介しておきます ⇒HP2 blog

開催は基本的に夜なので渡辺あまり行けないんですが，回を重ねる毎に盛会になっているようで，たまに覗くとかなり豪華な食事を安価で提供しています．昨日と今日は500円でいくら丼を頂きました．すげえ！

惜しむらくは広報のT君が一人で切り盛りしているので，彼がいなくなったらどうなるかがわからないというところですが…．Dに進学するらしいので，まあ３年は保ちますか．北大にお越しの際は是非HP2亭にお立ち寄りください．

DICOMをfifにしてMRIlabで読む

ちゃんとまとまってないのですが、ツイッターとかだと流れてわかんなくなっちゃうのでここでとりあえずのメモをしておきます。

MRIはGE signaのようです。

DICOM入手：DICOM receiverを起動しているとき、MEDxはMEDx-DICOMディレクトリにDICOM画像を（勝手に）格納している。この画像を使う！このディレクトリは、home/usr/直下にこの名前（MEDx-DICOM)で存在しないとダメっぽい。DICOM managerは、形式変換機能だと思った方がいい？（ここでdicomを選択してもあまりうまくいかない）。sinuheにsendすることもできるようだが、物理的にネットワークが繋がっていないらしい。なぜ…

DICOM→fif：正攻法はDICOM accessからDICOM databaseに持ち込んで、というやりかたのようだが、何しろネットワークがないので、DICOMファイルを持ち込むしかない。/mri/incoming も、dir_to_dicomもなくて愕然としたが、次のようにするとfifになる。理屈をほとんど理解していないので、何か間違っている可能性は高い。/neuro/mri/sets ディレクトリに、dicom画像群をすべて入れる。（ディレクトリ構造はとった人（研究）の情報＞数字.SCR>数字.SCE>XXX.dcm, YYY.dcm…となっていると思いますが、最後のXXX.dcm, YYY.dcm …のところのファイルを全部、ということ）。DICOM databaseを起動して、sourceをDirectoryにして/neuro/mri/setsにパスを通す。DICOM part 10 に変えて、patient IDとpatient nameには触れずに Applyし、隣のGETをクリックし、あとは二度ほどokokと言っていればfifファイルができる！あとはMRIlabで読めばよろしい。