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Dicom画像をFreesurferで扱える形式(.mgz)にする:コマンドとしては,
recon-all -i /fullpath/X.dcm -s subjectID
でokです.1分くらいで終わります.
具体例としては,
recon-all -i /Users/hayato/MRI/MEDx-DICOM/1.2.(略).618.STU/1.2.(略).SER/(略).dcm -s HW
とかですね.
*他がどうなのかは良くわからないのですが,北大の装置だと,124スライス(3D-FSPGRの場合)撮像したときには,124個の.dcmファイルがあるのですが,同一ディレクトリ内にあればどれか一つの.dcmファイルを指定してやれば,勝手にスライス数を判別して,まとめてファイル変換してくれます.複数ある場合は頭部位置補正も含めて統合できるようです.
*subjectIDには,たとえばHWとかSubj1とか何でも良いので文字列をいれると,$SUBJECTS_DIR下にその名前でディレクトリが生成されます.たとえば,$SUBJECTS_DIR/HW とか $SUBJECTS_DIR/Subj1 とか.この前の記事の例で言えば,/Users/hayato/documents/freesurfer/subjects/HW とかになりますよということですね.
北大環境下では,dcmファイル名称が凄い数字列で大変なのですが,tcshには[tab]キーを押すことでファイル名称を補完してくれるという大変ありがたい機能がありますので,うまく使ってください.

segmentationをする:上記の準備が完了したら,
recon-all -all -s subjectID
具体例としては,さっきのsubjectIDを踏襲すると,
recon-all -all -s HW
などとやると,この参加者の脳画像をsegmentationしてくれます.概ね24時間かかります.時間はかかるが簡単ですね.

渡辺はdcm画像がいっぱいあるんだけど,どうしたらいいんだろう…というところでしばらく詰まったのですが,試してみたらなんとかなりました.

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