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なんのために一生懸命FreeSurferでsegmentationしてたかというと、VBMEGで信号源推定(というか…)をするためだったのでした。とりあえず書きなぐります。そのうち整形します。 recon-allが終わったら、 cd [freesurfer_sbjdir]/sbj_test/surf/ mris_convert [lh/rh].smoothwm [lh/rh].smoothwm.asc mris_convert [lh/rh].inflated [lh/rh].inflated.asc mris_convert -c curv [lh/rh].smoothwm [lh/rh].curv.asc mris_convert [lh/rh].sphere.reg [lh/rh].sphere.reg.asc cd $SUBJECTS_DIR/sbj_test/mri mri_watershed -surf bem_surf -useSRAS T1.mgz brain_bem.mgz mris_convert lh.bem_surf_inner_skull_surface inner_skull_surface.asc mris_convert lh.bem_surf_outer_skin_surface outer_skin_surface.asc これでできたファイルをASCIIfileに変換しておく。 ここからはmatlabですね。 DicomをANALYZE形式にして、ノイズを除去する convert_dicom_nifti(dicom_file, output_dir) このdicom_fileも、複数ファイルのうち任意のもので良いようだ(未確認) fMRIは今回撮ってないので割愛。 Head model:SPM 8による灰白質のボリュームが必要なようだ!見逃していた。 今度はこれをやらなくては… Neuromagデータのことはまだマニュアルには書いていない(たぶん)。 yokogawaデータは.aveを使うとあるので、多分averageのfifファイルを用意すれば良いのだろう…。(変換用関数は用意されている!)(まだ使っていない!) ! Fastscanでは、 1.LPA(Left Preauricular) 2.MEG marker1(Left ear) 3.MEG marker2(Left pre-head) 4.MEG marker3(Center pre-head) 5.MEG marker4(Right pre-head) 6.MEG marker5(Right ear) 7.RPA(Right Preauricular) 8.Nasion 9-end optional head points for positioning が要求されるようだが、LPAとRPAとNasion (あとoptional) (あえて言えばLeft pre-headとRight pre-head - HPIで) しか(意識的には)とってない! これはなんともならないかなー 手動で位置合わせはできないのかな… ちょっとこのへんで。火曜日くらいに試してみれるとよいなあ

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コメント
無題
ATR脳情報解析研究所・計算脳イメージング研究室の林と申します。
VBMEGをご試用いただき、ありがとうございます。
センサのMRI位置合わせにつきましては、Neuromagのソフトウェア上でDICOMに対して行っていただき、その位置合わせ情報を含んだFIFファイル(MRI-FIF)をNeuromag計測データインポート関数(VBMEGとは別でWeb上で配布)で取り込んでいただければ、位置合わせのソフトを使わずに、センサ位置をインポートすることができます。
ただし、現在(2011/12/13)Web上で配布中のNeuromag計測データインポート関数の不具合を改善したものをリリースする準備中で、現在のものではそちらのデータを正常に取り込めないかもしれません。もし、ご入用であれば、rhayashi@atr.jpにご連絡いただければ、取り込み関数の最新版を送らせていただきます。
それでは失礼致します。
【2011/12/13 19:05】 NAME[林] WEBLINK[] EDIT[]
Re:無題
大変有益なコメントありがとうございます.
ちょっと試してみて,うまくいかなければメールさせていただきます.
【2011/12/14 12:04】


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