VBMEGのメモ

なんのために一生懸命FreeSurferでsegmentationしてたかというと、VBMEGで信号源推定（というか…）をするためだったのでした。とりあえず書きなぐります。そのうち整形します。 recon-allが終わったら、 cd [freesurfer_sbjdir]/sbj_test/surf/ mris_convert [lh/rh].smoothwm [lh/rh].smoothwm.asc mris_convert [lh/rh].inflated [lh/rh].inflated.asc mris_convert -c curv [lh/rh].smoothwm [lh/rh].curv.asc mris_convert [lh/rh].sphere.reg [lh/rh].sphere.reg.asc cd $SUBJECTS_DIR/sbj_test/mri mri_watershed -surf bem_surf -useSRAS T1.mgz brain_bem.mgz mris_convert lh.bem_surf_inner_skull_surface inner_skull_surface.asc mris_convert lh.bem_surf_outer_skin_surface outer_skin_surface.asc これでできたファイルをASCIIfileに変換しておく。 ここからはmatlabですね。 DicomをANALYZE形式にして、ノイズを除去する convert_dicom_nifti(dicom_file, output_dir) このdicom_fileも、複数ファイルのうち任意のもので良いようだ（未確認） fMRIは今回撮ってないので割愛。 Head model：SPM 8による灰白質のボリュームが必要なようだ！見逃していた。 今度はこれをやらなくては… Neuromagデータのことはまだマニュアルには書いていない（たぶん）。 yokogawaデータは.aveを使うとあるので、多分averageのfifファイルを用意すれば良いのだろう…。（変換用関数は用意されている！）（まだ使っていない！） ! Fastscanでは、 1.LPA(Left Preauricular) 2.MEG marker1(Left ear) 3.MEG marker2(Left pre-head) 4.MEG marker3(Center pre-head) 5.MEG marker4(Right pre-head) 6.MEG marker5(Right ear) 7.RPA(Right Preauricular) 8.Nasion 9-end optional head points for positioning が要求されるようだが、LPAとRPAとNasion (あとoptional) (あえて言えばLeft pre-headとRight pre-head - HPIで) しか（意識的には）とってない！ これはなんともならないかなー　手動で位置合わせはできないのかな… ちょっとこのへんで。火曜日くらいに試してみれるとよいなあ