FreeSurferでsegmentation (MacOSX 10.5-)

MRI画像から白質と灰白質を分離してくれるFreeSurferの使い方についてのメモです．また文章が長いので，よけいなのは続きに格納しました．

登録とダウンロードとインストール(Mac OSX Leopard)： FreeSurfer Download and Installに行きます．

とりあえずregistrationをします．registrationページの内容を埋めて [I agree]をクリックすると，メールが送られてきます．この中の，
----cut here----
自分のメールアドレス
数字
パスワード的なもの
----cut here----
から，
自分のメールアドレス
数字
パスワード的なもの
を切り取ってWordかなんかにコピーしておきます．あとで使います．

System Requirementsを確認の上，Downloadから，適切なものをダウンロードします．Leopardだったので，freesurfer-Darwin-leopard-i686-stable-pub-v5.1.0.dmg (2011.11.23現在)にしました．結構時間がかかります．

downloadが終わったら，解凍してでてきたpkgファイルをダブルクリックしますと，インストールがはじまります．インストール前に，X11があることを確認してください．(アプリケーション>ユーティリティの中にあるかどうか．なければ多分OSXのインストールディスクから入れられたと思います）．良きに計らっていると，アプリケーション(Applications)にインストールされます．ただし，registrationの証明のため，".license"という名称のファイルをインストール後できるFreeSurferディレクトリに入れておかなくてはならないのですが，アプリケーションディレクトリ内のファイル書き込みは"情報を見る">"共有とアクセス権"で書き込み可能に変更しなくてはならず，後々面倒なので，"書類"とかにインストールした方が良いかもしれません．インストールの結果生成されるFreeSurferディレクトリを丸ごとコピーしても問題ないです．

インストールが無事終了したら，さっきのWordにコピーしたものを，".license"という名称のファイルにして，FreeSurferディレクトリ直下に保存します．.licenseを保存するときは，"別名で保存">名前：.license，フォーマット:書式なし(txt)，拡張子を追加するのチェックを外す>保存として，.を使うのは予約されてますよ，という警告を無視して("."を使うを押して)ファイルの変換は特になにもせず"OK"をおせばよろしいかと思います．

以下，Setup Configurationページ内の，四角い枠で囲まれた文章をタイプしてはエンター(return)を押していけば，多分なんとかなりますが，念のため説明しておきます．最低限以下のコマンドを打てばセットアップ完了です．
tcsh
*コマンドシェルをtcshに変える
setenv FREESURFER_HOME <freesurfer_installation_directory>/freesurfer
*FREESURFER_HOMEに/FreeSurferをインストールしたディレクトリ/freesurfer という環境変数を登録する．たとえば，/Users/hayato/documents/freesurfer など．パスがわからない場合（日本語を使っているとわかりにくい）は，terminal (spotlightでterminalと入力すればすぐ出てきます）を起動して，freesurferがあるディレクトリを，terminalウインドウにドラッグ&ドロップするとわかります．
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh
*FREESURFER_HOME以下にあるSetUpFreeSurfer.cshを実行する．

渡辺の例に従っていれば，次のような文字列が出力されるはずである (もちろんユーザネームは違うと思いますが）．
Setting up environment for FreeSurfer/FS-FAST (and FSL)
FREESURFER_HOME /Users/hayato/documents/freesurfer
FSFAST_HOME /Users/hayato/documents/freesurfer/fsfast
FSF_OUTPUT_FORMAT nii
SUBJECTS_DIR /Users/hayato/documents/freesurfer/subjects
MNI_DIR /Users/hayato/documents/freesurfer/mni

あと，MNIが既にインストールされていてそっちを使いたい場合は，
cd $FREESURFER_HOME
mv mni mni-backup
ln -s /usr/local/mni mni
としろと書いていますね．お任せします．

以上でsetupは完了です．

Download & Installまでのパス：FreeSurfer→FreeSurfer wiki→FreeSurfer Beginners Guide→ FreeSurfer Download and Install

X11について：

Setupについて：セットアップはX11.appを使用します．これが何なのかということについては，Wikipedia:UNIXおよびwikipedia:シェルを読むと多分なんとなくわかります．歴史的な読み物としてはそこそこ面白いと思います．わからなくても使えます（渡辺がそうです）．

tcshって何？：X11 terminalのコマンドシェルは，標準だとbashなので，これでも良いようですが，tcsh（ティーシーシェルと読む）を用いることが推奨されています．

chsh -s /bin/tcsh ってなんのこと？やらなくていいの？：chshは，change shellの略でしょう．これは，ログインしたときのコマンドシェルをtcshにしておく，ということなので，他にそのPCを使う人がいなければそうしても良いでしょうし，使う人がいれば相談しましょう．無視しても良いです．

setenv FREESURFER_HOME /freesurfer_installation_directory/freesurfer
については，えーっと，wikipedia:環境変数を読むと雰囲気がわかるかと思いますが，ようするに次のようなことです．

FreeSurferをどこにインストールするかは勝手に決めていいのですが，パスを通すということで書いたように，「今いるところ」か「フルパス」でないとファイルを実行できないので，そうなると，人によってインストールする場所が違うと，ファイル実行の際に支障がでるわけで，自分がインストールしたfreesurferディレクトリまでは共通（下位構造はみんなおんなじはずだから）にしたいわけです．そこで，FREESURFER_HOME という変数に，<自分がFreeSurferをインストールしたディレクトリ>/freesurfer (たとえば，/Users/hayato/documents(←ここまでが自分がインストールしたディレクトリ)/freesurfer)という値を入れておけば，$FREESURFER_HOME/XXX/YYY... と書いておけばどこにインストールしようが同じように動く訳ですね($記号の意味は，以下の文字列は中に何かが入っている変数ですよ，ということを意味するインデクスくらいのものだと思います）．まあ，わかんなくても大丈夫です．

source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh
の後に出てくるメッセージは何をさしているか？：FREESURFER_HOMEに，/usr/local/freesurferを指定しましたよ(以下同様）ということですので，かえる必要があれば変えても大丈夫です．Optional configuration settingsに書いている例としては，SUBJECTS_DIRは自分の参加者情報を入れているディレクトリにしても良いですよ，ということになっていますね．↓これのことです．
setenv SUBJECTS_DIR