ようやく目処が立った…かな？

ちょっと期待したのとは違いますが、一応結果（らしきもの）を見出すことができました。
以下まとめ

RMSは、便利は便利なんだけど（正負はなくなるので）、やっぱ直観的にわからないのが最大の弱点。
もしRMSを使うのであれば、おそらく次のような手続きがベスト

１．普通に、standard-deviant の系列でデータを取る
２．その際、standard刺激とdeviant刺激の提示確率を、50%にした、コントロール系列のデータも取っておく

３．１と２の条件の、deviant-standardの差波形を出す。
４．差波形同士のRMSを比較する

このやり方であれば、検定は比較的容易かと思われます（やってないからわかんないけど）（あと、データ系列が増えてデータ取りが大変だけど）