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ちょっと期待したのとは違いますが、一応結果(らしきもの)を見出すことができました。
以下まとめ

RMSは、便利は便利なんだけど(正負はなくなるので)、やっぱ直観的にわからないのが最大の弱点。
もしRMSを使うのであれば、おそらく次のような手続きがベスト

1.普通に、standard-deviant の系列でデータを取る
2.その際、standard刺激とdeviant刺激の提示確率を、50%にした、コントロール系列のデータも取っておく

3.1と2の条件の、deviant-standardの差波形を出す。
4.差波形同士のRMSを比較する

このやり方であれば、検定は比較的容易かと思われます(やってないからわかんないけど)(あと、データ系列が増えてデータ取りが大変だけど)

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