FieltTripを使えるようになりたい（４）

とりあえずデータは読み込めるようになったので，すが，Tutorialに使われているデータはCTF Omega Systemで取られたデータのようで（これで検索された方がいましたが，平謝りする他ございません），Neuromagのデータはそのまんま乗っかるわけにはいかなそうなので，きちんとmatlab関数が何してるのか，ということを読んでいきたいと思います．

というわけで，tutorialのintroductionの，The Fieldtrip toolboxの部分をざっと見ると，まずDEFINETRIAL (trialの定義)をして，REJECTARTIFACT (アーティファクトの除去)をしたあとで，PREPROCESSING (前処理)をする，以降色々な分析をしますよ，ということになっています．(DIPOLESTIMULATIONは，また別のフローのよう)

というわけで，まずはDEFINETRIALをみてみます．DEFINETRIALはtrialをdefineするもので（そのままですね），trialというのは，PREPROCESSINGで読み出されるデータの切片である，ということですね．このTrialは，連続データのうちの開始(t = 0 point, 普通はトリガのポイント）と終端によって定義される，ということでここまではわかりますね．昨日書いた，read_headerという関数は，fifファイル中のヘッダを読んでいる，ということになります．たぶん．definetrialのヘルプは，matlab中で，

help definetrial

としても良いですが，ここにヘルプ全文があります．

さて,Fieldtripで用いられるデータというのは，configuration(構造体)であり，Fieldtrip中では"cfg"という文字列で表されています．

cfg.xxx = xxx;
cfg.yyy = yyy;

というように，ドット以下に文字列を加えると，cfgという変数の中に，xxx, yyyというサブ変数ができます．やってみたらわかると思いますが…．スクリーンショットで見せられればわかりやすそうですね．またいずれ．

definetrialに最低限必要なcfgの構造は，以下のようになります．

cfg = [];
cfg.dataset = 'filename.fif'

cfg.trialdef.eventtype = 'eventtypestring'
cfg.trialdef.eventvalue = event(trigger)value;

ここで，cfg.datasetに入れる'filename.fif'というのはそのまま，rawデータが保存されているfiff fileになります．cfg.trialdef.eventtype/valueにいれるべき内容は，次のようにすると読み出すことが可能です．

evt = read_event('filename.fif');

evtの部分は好きな名前で結構なんですが，ようするにread_eventの結果がこの変数に入るということになりますね（まあ，matlabを使ったことがあればわかると思いますが…しつこくなるので，以下わざわざ書きません）．evt fileの中を見ていくと，トリガ数*1列のイベントデータが出ていることがわかると思います．それぞれのイベントデータをみると，たとえば，type ：'STI 014'とか，value:1というようなことが書いてあるものと思われます．*わかんないですが，evt.type(1,1), evt.value(1,1)とかすれば，ans = 'STI 014', ans = 1 とか出ると思います．ダメかな？

そこで，

cfg.trialdef.eventtype = 'STI 014';
cfg.trialdef.eventvalue = 1;

と入力します．加えて，

cfg.trialdef.prestim = 1;
cfg.trialdef.poststim = 1;

等とすれば，定義付けの範囲を，prestim(秒）〜poststim(秒）に限局できるようです．ここまでの構造体(cfg)情報が入力し終われば，あとは，

cfg = definetrial(cfg);

とすることで，trl情報がcfgに付加されます．これを用いて，後のpreprocessとかができるようですね．