忍者ブログ
おかげさまでspamコメントが増えてきましたので、一応コメントを承認制にしました。基本的には承認します。
[345] [100] [344] [343] [142] [321] [342] [341] [340] [339] [338]
×

[PR]上記の広告は3ヶ月以上新規記事投稿のないブログに表示されています。新しい記事を書く事で広告が消えます。

とりあえずデータは読み込めるようになったので,すが,Tutorialに使われているデータはCTF Omega Systemで取られたデータのようで(これで検索された方がいましたが,平謝りする他ございません),Neuromagのデータはそのまんま乗っかるわけにはいかなそうなので,きちんとmatlab関数が何してるのか,ということを読んでいきたいと思います.

というわけで,tutorialのintroductionの,The Fieldtrip toolboxの部分をざっと見ると,まずDEFINETRIAL (trialの定義)をして,REJECTARTIFACT (アーティファクトの除去)をしたあとで,PREPROCESSING (前処理)をする,以降色々な分析をしますよ,ということになっています.(DIPOLESTIMULATIONは,また別のフローのよう)

というわけで,まずはDEFINETRIALをみてみます.DEFINETRIALはtrialをdefineするもので(そのままですね),trialというのは,PREPROCESSINGで読み出されるデータの切片である,ということですね.このTrialは,連続データのうちの開始(t = 0 point, 普通はトリガのポイント)と終端によって定義される,ということでここまではわかりますね.昨日書いた,read_headerという関数は,fifファイル中のヘッダを読んでいる,ということになります.たぶん.definetrialのヘルプは,matlab中で,

help definetrial
としても良いですが,ここにヘルプ全文があります.

さて,Fieldtripで用いられるデータというのは,configuration(構造体)であり,Fieldtrip中では"cfg"という文字列で表されています.

cfg.xxx = xxx;
cfg.yyy = yyy;
というように,ドット以下に文字列を加えると,cfgという変数の中に,xxx, yyyというサブ変数ができます.やってみたらわかると思いますが….スクリーンショットで見せられればわかりやすそうですね.またいずれ.

definetrialに最低限必要なcfgの構造は,以下のようになります.

cfg = [];
cfg.dataset = 'filename.fif'

cfg.trialdef.eventtype = 'eventtypestring'
cfg.trialdef.eventvalue = event(trigger)value;
ここで,cfg.datasetに入れる'filename.fif'というのはそのまま,rawデータが保存されているfiff fileになります.cfg.trialdef.eventtype/valueにいれるべき内容は,次のようにすると読み出すことが可能です.
evt = read_event('filename.fif');
evtの部分は好きな名前で結構なんですが,ようするにread_eventの結果がこの変数に入るということになりますね(まあ,matlabを使ったことがあればわかると思いますが…しつこくなるので,以下わざわざ書きません).evt fileの中を見ていくと,トリガ数*1列のイベントデータが出ていることがわかると思います.それぞれのイベントデータをみると,たとえば,type :'STI 014'とか,value:1というようなことが書いてあるものと思われます.*わかんないですが,evt.type(1,1), evt.value(1,1)とかすれば,ans = 'STI 014', ans = 1 とか出ると思います.ダメかな?

そこで,

cfg.trialdef.eventtype = 'STI 014';
cfg.trialdef.eventvalue = 1;
と入力します.加えて,
cfg.trialdef.prestim = 1;
cfg.trialdef.poststim = 1;
等とすれば,定義付けの範囲を,prestim(秒)〜poststim(秒)に限局できるようです.ここまでの構造体(cfg)情報が入力し終われば,あとは,
cfg = definetrial(cfg);
とすることで,trl情報がcfgに付加されます.これを用いて,後のpreprocessとかができるようですね.

拍手[0回]

PR

コメント


コメントフォーム
お名前
タイトル
文字色
メールアドレス
URL
コメント
パスワード
  Vodafone絵文字 i-mode絵文字 Ezweb絵文字


トラックバック
この記事にトラックバックする:


忍者ブログ [PR]
カレンダー
07 2017/08 09
S M T W T F S
1 2 3 4 5
6 7 8 9 10 11 12
13 14 15 16 17 18 19
20 21 22 23 24 25 26
27 28 29 30 31
メールはこちらから
プロフィール
HN:
渡辺隼人
性別:
男性
ブログ内検索
カウンター
コガネモチ