optseq2 excercises

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These exercises are intended to introduce the user to optseq. See the Optseq Home Page at http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/optseq for more info.

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Exercise 0. View the optseq help page:
optseq2 --help | less
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Exercise 1. Create a schedule with a single non-null event type for a run with 100 time points with TR = 2 sec. The trial type will have the label 'evt1', will last 2 sec, and will be repeated 30 times. The 3 best schedules will be kept. Set the PSD window to 20 sec (which should be enough to capture the response to a 2 sec event). Note that the dPSD is implicitly set to the TR because there are only two parameters that follow --psdwin.
TR =2秒で，100タイムポイントがあるランで，単一のnullのないイベントタイプのスケジュールを作成する．トライアルタイプは，'evt1'のラベルで，2秒で終わる．そして，３０回繰り返される．３つのベストスケジュールが保存される．PSD窓は，２０秒に設定する（2秒のイベントの反応を捕捉するには十分である）．dPSDは，TRのために暗黙にセットされる．なぜなら，--psdwinには，パラメータがふたつしかないからである．
optseq2 --ntp 100 --tr 2 \ --psdwin 0 20 \ --ev evt1 2 30 \ --nkeep 3 \ --o ex1 \ --nsearch 10000
There will be five files created by this process. The three schedules will be stored in ex1-001.par, ex1-002.par, and ex1-003.par. Each file will have 4 columns corresponding to: (1) stimulus onset time, (2) event type numeric id, (3) event duration, and (4) event type label. ext1.log is a file that contains information about the progress of the optimization. It is created when the process starts, and the process adds to it after it has completed each 10% of the search or when one of the best schedules changes. ex1.sum is a summary file with information about how optseq2 was run, statistics about the search, and statistics about each of the kept schedules.
この過程により，５つのファイルが生成される．３つのスケジュールは，ex1-001.par, ex1-002.par, ex1-003.parに保存される．各々のファイルは，４行で構成されている．（１）刺激オンセット時間，（２）イベントタイプの数字ID，（３）イベントの持続時間，および（４）イベントタイプのラベルである．ext1.logは，最適化の向上（progress)についての情報を含む．これは，処理が始まるときに作成され，サーチの10％ごとに，あるいはひとつの最適のスケジュールが変化したときに構成される．ex1.sumは，どのようにoptseq2が実行されたかについての情報があるサマリーファイルで，サーチについての統計，および各々のキープされたスケジュールの統計が入っている．
Look at one of the event schedule files (eg, ex1-001.par). Notice that while the duration of event type 1 is constant at 2 seconds, the duration of the Null event can change (but will always be a multiple of the dPSD).
イベントスケジュールファイル（eg, ex1-001.par)を見よ．イベントタイプ１の持続時間が，2秒で一貫していること，Nullイベントの持続時間が変化していることに注目せよ（しかし，dPSDの整数倍になっている）．
Look in the summary file (ex1.sum). What was the efficiency for the best schedule? Re-run with 60 and 90 repetitions. How does the efficiency change? How high can the number of repetitions go before you encounter a time violation?
summary file(ex1.sum)を見よ．ベストスケジュールの効果性はなにか？60-90回で再実行せよ．どのくらい効果性が変わるか？あなたが時間妨害に会う前に，どのくらい繰り返しの数が高くなるか？ --------------------------------------------------------------------------
Exercise 2. Create a schedule with three non-null event types for a run with 120 time points and TR = 2.5 sec. Event type 1 will have a duration of 2.5 sec with 20 repetitions. Event type 2 will have a duration of 5.0 sec with 10 repetitions, and event type 3 will have a duration of 7.5 sec with 15 repetitions. Set the PSD window to 25 sec to assure that the response to event type 3 can be captured; explicitly set the temporal resolution (ie, the dPSD) to one TR.
TR = 2.5秒で，120のタイムポイントがある，３つの非nullイベントタイプのスケジュールを作成する．イベントタイプ１は，2.5秒で２０回繰り返される．イベントタイプ２は，５．０秒で１０回繰り返される．イベントタイプ３は，７．５秒で１５回繰り返される．イベントタイプ３の反応を確実に捕捉するため，PSDウインドウは２５秒にセットした．ひとつのTRに対する時間解像度（つまりdPSD)が明示的にセットされる．

optseq2 --ntp 120 --tr 2.5 \ --psdwin 0 25 2.5\ --ev evt1 2.5 20 \ --ev evt2 5.0 10 \ --ev evt3 7.5 15 \ --nkeep 3 \ --o ex2 \ --nsearch 1000
Look at one of the event schedule files (eg, ex2-001.par) to verify that event onsets always occur at integer multiples of the dPSD (2.5). What was the efficiency of the best schedule?
dPSD(2.5)の整数倍でいつもイベントオンセットが起こることを検証するために，ひとつのイベントスケジュールファイル（eg, ex2-001.par)を見よ．ベストスケジュールの効果性はどうなっているか？
Change the dPSD to half a TR (ie, --psd 0 25 1.25). How did this change the efficiency? Verify that event onsets always occur at integer multiples of the new dPSD, and that the Null durations are always an integer multiples of the new dPSD.
dPSDをTRの半分(つまり，--psd 0 25 1.25)に変えてみよ．どのくらい効果性が変化したか？イベントオンセットが新しいdPSDの整数倍になっていることを確認し，Null持続時間がいつも新しいdPSDの整数倍になっていることを確認せよ．
Create a DOF violation by changing the dPSD to .0625.
dPSDを.0625に変更することで，あたらしいDOFを作成せよ．