optseq2 まとめ

とりあえず分かった事を書きます．まず，optseq2をダウンロードして，ターミナルを開きます．そして，フルパスで（パスを通せる人は，optseq2があるディレクトリにパスを通して，渡辺にmacでのパスの通し方を教えて下さい．閑話休題；macだったら，shift+⌘（コマンド）でspotlightを開いて,optseq2を一回実行してやれば，勝手にログアウトされますが最初の方にパス名が書いてあるのでそれをコピペするとか，あとoptseq2自体をターミナルにドラッグ＆ドロップするとそのパスがわかるそうです．情報提供ありがとうございます）．optseq2を指定して，以下に--commandを書いていきます．たとえば以下のように．

/Users/watanabehayato/Downloads/optseq2 --ntp 100 --tr 3 --psdwin 0 30 --ev evt1 6 21 --nsearch 10000 --seed 380996 --nkeep 4 --o watanabe

で，エンターを押すと，optseq2が実行されます．

そうしますと，１２列からなるサーチ情報が表示されます．これは，--log logfileで出力されるものと多分同一の内容です．（中身はここの下の方に書いてあります）．さらに，watanabe-001.par, watanabe-002.par watanabe-003.par, watanabe-004.parというファイルが生成されます．ここで，watanabeの部分は，--oで指定した名前であり，生成されるファイル数は，--nkeepで指定した回数になります．

.parファイルはテキストエディタで開くことができ，開くと5列からなる情報が表示されます．これも，さっきのリンクの--o outstemの部分をご参照ください．今のところ良くわかっていないのが，

• evt1が連続して生じることがあるが，これはokと見なしてよいのか？→どうやら良いらしい．SPMを勉強したらわかるみたいだけど勉強…か…的な．
• preevt-evt-postevtというような組み方をする場合の，pre-evt-postの間隔の設定はできないのか？→できないっぽい．

の２点．前者は，null刺激を強制することでかならずnull刺激が入るので，okかどうかはあまり良くわかりませんがいれておいた方がいいのかな，と思いますが，後者のような一連のイベントそれぞれの時点での撮像をしたい，というときに，各イベント間に（順番は固定で）null刺激をどう置くのが良いか，ということはわからないような気がします．pre-evt-postをひとくくりで「evt」として，ITIを見ることはできると思いますが．

ついでに，過去に書いていますがコマンドについて簡単に説明しておきます．--tr value(second) valueの所には数字をいれます（以下同じ）．ここでは時間解像度を指定します．お使いのMR機器で良く使われる設定に合わせてください．うちはTR 3(秒）で撮っているそうなので，そうして(--tr 3として）います．--ntp value　ここで指定した値*TRが，総撮像時間になります．たとえば，100だったら，100*TR(今は３なので，100*3ということにしましょうか，そうすると３００）秒が，総撮像時間になります．ここは勝手に決めて良いようですが，あまり短くするとefficiencyが下がります．実験参加者が疲れなさそうで，かつなるべく長めにすると良さそうです．--psdwin psdmin psdmax dpsd psdminもpsdmaxもdpsdもvalueです．psdというのは，post stimulus durationの略だそうです．psdminには刺激後の最小持続時間(0にしてます），psdmaxは刺激後の最大持続時間（どう決めたらいいか明確な指針をご紹介できませんが，TRの１０倍が目安っぽいのでそうしています）,dPSDは時間解像度そのままでいいみたいです．--nsearch value では，サーチ回数を選びます．これは完全に渡辺の理解なので誤解があろうかとおもいますが，どうも，optseq2は，コマンドで指定した設定を満たす条件を，大量に検索し，その有効性（efficiency)が最大になったときに後で書きますが--nkeep数だけ保存する，という方法をとっているようです．たとえば，3秒のイベントが10回おこる，時間解像度３秒で，タイムポイントが11，で，psdwinが0 30 3，みたいな条件であれば，NULL刺激が入る余地は1個しかないので１1通り（かな？）を全部調べる，ということですね．で，もっとイベントとタイムポイントが多くなれば，１１通りじゃ当然きかないので，大量の設定を満たす条件を調べて，efficiencyを求めて行く，ということをやるわけです．ただ，凄まじい回数になる（場合がある）ので，ここで上限を決めておく訳ですね．ちなみに，10000回は1分以内でおわりますので，100万回くらいは余裕でまわせるでしょう（機械はプロセッサが2.4gHz Intel core 2 duo, メモリ4G 667MHzのmacbookです）．--tsearch value(hour)というコマンドもあって，これだと一時間単位でまわせます．夜に5ー6時間ぶん回しといてもいいかもしれません．で，--nkeep valueは，ここで最適だった順番をvalue数だけ保存します．--o string (stringは文字列ね）で，その名前のファイルを出力します．はじめだけ，seedvalueを指定することを求められるかもしれません．

INFO: Setting srand48() seed to 806036

とかのINFOが出ます．そのときは，--seed 806036とか入れてやれば良さそうです．この数字が乱数生成のタネになるようです．

というところでしょうか．このくらいを1日で理解できるようになればなー，と思いますが，しょうがないね！文系だからね！