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がんばったので、こちらにメモを残しておきます
・前提
 1.101chのMEGデータから、一部抜粋してプロットしたい
   (101行(チャンネル)*780列(時間…サンプリング周波数600Hzなので、1200ms))
   →plot(チャンネル番号,:)とか
 2.同じチャンネルの、標準刺激の波形と逸脱刺激の波形を重ねあわせたい
   →plot(変数1(チャンネル番号,:),'b');hold on;plot(変数2 (チャンネル番号,:),'r')とか
 ('b'とか'r'とかってのは、色指定 bは青、rは赤
 3.同じ条件については、1枚のグラフ上にプロットしたい
 subplot(n,m,l)
1枚のグラフをn行m列に分割し、lで指定した番号にグラフを載せていく。
 subplot(4,4,1);
plot(data1(4,:),'b');hold on;(plot(data2(4,;),'r');
subplot(4,4,2);
plot(data1(11,:),'b');hold on;(plot(data2(11,;),'r');

 と延々(コピペを駆使しつつ)貼ってけば、できなくもない
 4.そのほか、グラフに対していろいろ指定しておきたい
 5.上記の件について、群(2)*条件(2)*時間軸(2)*逸脱条件(2)の16枚のファイルを作りたい

 というのを、手打ちでやるのは面倒なので、スクリプトで処理したい…と思って作ったのが以下のものです。%以下はコメント行

function lat(data1,data2)

time=-100:10/6:1200;%x軸
time(781)=[];%781個できるので、1個消去
%ここまでは、x軸データが別にあればfunction lat(data1,data2,time)とかにしとけばOK

n=16;%グラフ数を設定
k=[4,9,88,85,11,15,82,79,3,44,64,73,41,90,90,59];%チャンネル番号を指定
j=[1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16];%subplotの番号指定のために準備(いらないかも)
for c=1:n;%c=1についての処理をendまで行い、次にc=2についての処理をendまで行い…というのを、c=n(つまり、16)になるまで繰り返す
ch=k(c);%チャンネルデータ読み出し、
% kで設定したチャンネル番号の、c番目(というのは、前述のとおり、1,2,3と変動する)を拾う
subplot(4,4,j(c));
%4行4列のグラフを表示する。以下のplotの位置を、j(c)で指定
plot(time,data1(ch,:),'b',time,data2(ch,:),'r');%それぞれのチャンネルの、data1(青)、data2(赤)の重ね合わせ

%以下はグラフ表示の設定
axis([-100,1200,-100,70]);%([xmin,xmax,ymin,ymax]).xは時間、yはfT
xlabel('time(ms)');%x軸のラベル
ylabel('fT');%y軸のラベル
grid;%グリッドの表示
title(ch);%グラフのタイトル(チャンネル番号を拾ってきている(上の、ch=k(c))ので、それを表示)
legend('sta','lat',4);%凡例の表示、数字は位置(-1…領域外側、0…適当に、1…左上、2…右上、3…左下、4…右下)
%ココマデ
end
end

時間軸データ及び逸脱条件による色の変化は、mファイルを別に作ることで設定しましたが、今思うと、
function p(data1,data2,xmin,xmax,data2color)とかにして、

plot(time,data1(ch,:),'b',time,data2(ch,:),data2color);

axis([xmin,xmax,-100,70]);
とかにしておけば、一個で済みましたね。明日試してみます。

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